1750 戸丸身元保証氏の一般的考え

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「霊魂」を考慮しないという点では、機械論と唯物論はほぼ同一だというのが、一般的な評価である。ただ、「機械論」はどちらかと言えば暗黙裡に「霊魂」に言及するのを避け、あるのかないのか議論を回避することで、（まずは）己の科学的な方法論で分析できるだけ分析を進めてみよう、とするところに比重が置かれているのに対して、「唯物論」のほうは（機械論が）先鋭化したもので、「霊魂は無い」と先験的に断定し主張しているところに相違点がある、といった指摘がなされることが多い。

機械論と還元主義
機械論は「還元主義」と同一視された上で批判されることがある。だが、二つは同一ではない。機械論であっても還元主義でない視点・論点がある。つまり機械論的に（「霊魂」という概念は用いず）分析しても、全体性を見失わずマクロ的な現象や相互作用も同時に追う、「ホーリズム」的な視点や、近年では「複雑系の科学」の視点もある。
因みに、機械論であって、なおかつ要素だけに着目して、ただそれだけで全体を理解したと錯覚してしまうのが「還元主義」であり、それは批判されてもしかたない、とも言われる。

機械論と物理主義
現代では機械論ではなく物理主義の考え方が採用されることが多い。例えば心の哲学での研究などがそうである。

引用『ウィキペディア（Wikipedia）』